La Medalla de Honor al Mérito fue instituida para reconocer los servicios prestados a la de la Escuela de Educación Física y Deporte del Ejercito G/J Juan José Flores y para premiar al personal militar y civil, que se distinga por sus destacadas intervenciones en las diferentes actividades deportivas y servicios distinguidos en beneficio del desarrollo del deporte en el Ejército
Fundada el 12 de febrero de 1985 a través de la resolución # E-981, la Escuela de Educación Física y Deporte del Ejercito G/J Juan José Flores adscrita al componente Ejército y ubicada en Fuerte Tiuna lleva el nombre del epónimo del insigne prócer de la independencia de Venezuela y primer presidente del Ecuador.
La medalla de presenta en 3 clases y su venera es de metal dorado y en esmalte de forma circular superpuesta a 7 puntas triangulares proyectadas fuera de la circunferencia, en su centro está dividido por franjas de color azul-rojo-azul en esmalte en cuyo centro lleva el Escudo del Ejército de color plateado, sobre este, los aros olímpicos entrelazados en símbolo de la fraternidad deportiva y en su parte inferior la inscripción de “MERITO DEPORTIVO” en letras doradas. La primera clase está suspendida al cuello por una cinta de seda moaré color amarillo fuego de 30 mm de largo por 6 mm de ancho con una banda en diagonal con los colores del Ejército (azul-rojo-azul) La se segunda clase penderá al pecho por una cinta de la misma característica anteriores y la de tercera clase prescindirá de la cinta. Posee como partes componentes venera, miniatura, barra y roseta.
Conjunto en su 2da clase y detalle de su venera